Thế kỷ 16, các hồi quốc trở nên lớn mạnh cả ở Java. Hồi quốc Demak cuối cùng đã tiêu diệt được vương quốc Majapahit một thời đế quốc. Ở Java chỉ còn lại hai vương quốc theo đạo Hindu là Sunda ở tận cùng phía tây Java và Blambangan ở tận cùng phía đông Java. Để kháng cự lại áp lực của Demak, vua Sri Baduga Maharaja đã sai con trai mình đến Malacca cầu viện người Bồ Đào Nha và đổi lại ký hiệp ước hòa bình và thương mại tự do với người Bồ Đào Nha.

Sau khi Sri Baduga Maharaja qua đời, con trai ông là Prabu Surawisesa Jayaperkosa (tức Ratu Sang Hiang, hay Ratu Samian) lên kế vị. Lúc này Sunda đối mặt với sự bành trướng ngày càng tăng của các hồi quốc Demak và Banten. Vua mới đã cho phép người Bồ Đào Nha xây dựng nhà kho và pháo đài ở cảng Sunda Kelapa và đổi lại giúp nước ông chống quân xâm lược. Các thuyền của Bồ Đào Nha tại cảng này được phép chất bao nhiêu bao tiêu tùy thích. Hàng năm, vua Sunda còn gửi tặng vua Bồ Đào Nha một nghìn bao (khoảng 20 tấn) hạt tiêu. Hiệp ước này giữa Sunda và Bồ Đào Nha đã không được phía Bồ Đào Nha thực hiện đầy đủ. Người Bồ Đào Nha đã không xây pháo đài vì bản thân họ còn đang vướng rắc rối ở Goa, Ấn Độ. Khi người Bồ Đào Nha quay lại Sunda thì đã qua muộn. Liên quân Cirebon-Demak trước đó đã tấn công Sunda Kelapa, giết hết các quan địa phương ở đây và gia đình họ, tàn phố thành phố. Quân Sunda từ kinh đô đến phản công tự nhận thấy mình không đủ sức đánh trả quân Hồi giáo, nên đã rút về. Sunda Kelapa được người Hồi giáo đổi tên thành Jayakarta hay Jakarta. Có khoảng 30 thủy thủ Bồ Đào Nha bị đắm thuyền vì bão và bơi đến thành phố cảng này lập tức bị quân Hồi giáo giết chết. người Bồ Đào Nha nhận ra mình không đủ sức, nên từ bỏ Sunda.

Cuộc chiến giữa liên quân Cirebon-Demak với Sunda kéo dài khoảng gần 5 năm. Cuối cùng, vào năm 1531, hai bên ký hòa ước. Nhưng vào thập niên 1550, quân đội hồi quốc Banten đã tấn công vào kinh đô Pakuan của Sunda. Dưới thời vua Raja Mulya, tức Prabu Surya Kencana, Sunda suy yếu rõ rệt vì sức ép của người Hồi giáo và cuối cùng diệt vong vào năm 1579. Gần như toàn bộ lãnh thổ của Sunda bị sáp nhập vào Hồi quốc Banten.